M. smegmatis dựa vào các con đường sửa chữa DNA để chống lại sự phá hủy DNA. Ngắt sợi đôi đặc biệt đe dọa khả năng tồn tại của vi khuẩn. M. smegmatis có ba lựa chọn để sửa chữa các đứt sợi đôi; tái tổ hợp tương đồng (homologous recombination - HR), sự kết thúc không tương đồng (non-homologous end joining - NHEJ), và ủ sợi đơn (single-strand annealing - SSA).[7] Con đường HR của M. smegmatis là yếu tố quyết định chính của khả năng chống bức xạ ion hóa và tổn thương DNA oxy hóa. Con đường này liên quan đến việc trao đổi thông tin giữa nhiễm sắc thể bị hư hỏng và một nhiễm sắc thể tương đồng khác trong cùng một tế bào. Nó phụ thuộc vào protein RecA xúc tác trao đổi sợi và protein ADN có vai trò như một nuclease tiền synap.[7] Nhân sự là một quá trình sửa chữa chính xác và là con đường ưu tiên trong quá trình tăng trưởng.[8]Con đường NHEJ để sửa chữa đứt gãy sợi đôi liên quan đến việc nối lại các đầu bị hỏng. Nó không phụ thuộc vào nhiễm sắc thể tương đồng thứ hai. Con đường này đòi hỏi protein Ku và một ligase DNA phụ thuộc nhiều chức năng ATP (ligase D).[9] NHEJ hiệu quả nhưng không chính xác. Sự biets kín các DNA bị đứ đoạn kết thúc trong một chuỗi gen chức năng xảy ra với tần suất đột biến khoảng 50%.[9] NHEJ là con đường ưa thích trong giai đoạn tĩnh, và nó bảo vệ M. smegmatis chống lại tác hại của sự sấy khô.[8]SSA được sử dụng như là một con đường sửa chữa khi đứt gãy sợi đôi phát sinh giữa các chuỗi lặp lại trực tiếp trong DNA. SSA liên quan đến cắt bỏ sợi đơn, ủ các lần lặp lại, loại bỏ nắp, làm đầy khoảng cách và thắt. Trong M. smegmatis, con đường SSA phụ thuộc vào RecBCD helicase-nuclease.[7]